小笠原群岛是日本列岛中的一个，位于它北部一个70米高的小岛忽然在一夜之间失踪，经过多方专家鉴证是沉入了海底。小野寺俊夫是负责调查工作的深海潜艇驾驶员。经过昼夜勘探他在位于地下7000米的日本海沟发现了强烈的反常现象。就在此时，日本本土发生了天翻地覆的变化。高速公路大桥忽然倒塌，新干线工程被迫停工，各个地区地震频繁，还引发了大量的火山爆发，日本政府召开了专家研讨会，并得出世界震惊的结论——日本即将沉没，无法置信的日本政府立即制定了紧急D-1计划，并就此展开了绝密的调查。

　　在深入调查之际，日本相继发生了“京都大地震”和“东京大地震”，越来越多的实施证明日本即将沉没，面对严峻的自然考验，日本政府不得不在“D-1”救援计划的基础上制定了“D-2”计划，日本即将沉没的消息被公开，国际社会也对日本予以高度的注意与援助，身为岛国的日本因为大规模的地壳变动，日本还会多次发生8级以上地震，在大地震中陷入困境的小野寺等被救难员救出。

　　当巨大的海啸席卷而来时，日本开始沉没了……