遇到玛丽之后，伯恩发现自己变了，他不再执着于寻找过去，虽然他经常被记忆的零星片断所惊醒，但从玛丽身上，他总是能够找到安宁。然而，玛丽却死在了杀手的子弹之下，愤怒的伯恩开始了疯狂的复仇，因为他所渴望的一切--玛丽，已经永远地消失了。他不再想知道自己是谁，只想永远地忘记那些肯定会让他不堪回首的记忆。然而，伦敦一份报纸的头版头条报道了一个故事，推测出了他的存在，他美好的愿望结束了，伯恩发现自己

　　再一次成了暗杀的目标。

　　“踏石”是一个高度机密的黑色特工计划，专门培养超级杀手--伯恩就是这项研究的一个“成果”。不过，由于伯恩的失踪，“踏石”计划宣告失败，同时被一个由美国国防部负责的新计划“黑烟斗”所取代，他们培养出了新一代训练有素的杀手，他们隐姓埋名地生活在国内乃至国外的各个角落，等待政府需要的时候随时接受差遣。对于他们来说，伯恩的存在是政府潜在的一个最大的威胁，必须坚决铲除掉，同时，伯恩这个名字还值3千万美金的酬劳。可是对于伯恩来说，这些杀手也只是他想拼命忘记的记忆中的一部分而已。

　　伯恩的双手已经触碰到了真相，这一次，他不会再因为前任老板那空洞的许诺而踌躇不前，他要跟那些创造了“杰森・伯恩”的人，为一切做一个了解。伯恩的主动追击让他天南海北地跑着，他到过莫斯科、马德里、巴黎，也在伦敦和丹吉尔做过停留，寻找真相的同时，还要躲避更加机智的“黑烟斗”杀手、联邦特工和当地警察的三重围捕，伯恩发现自己每前进一步，那些困扰着他的疑问就会得到一个答案。最终，他那充满艰难的行程把他带到了一切开始的地方--纽约，在那里，有关伯恩的所有谜团，都会得到圆满的了结。